Windows 2003, без доменов (Фалопомойка)
Доступ к папкам ограничен списком пользователей (есть список пользотвателей)
Как правильно настроить Журнал регирстрации событий чтобы можно было отследить историю по файлам те изменения, перемещения, удаление итд?
Чёткие определения-то есть. Только штатные средства логгируют всё. Чтение/запись реквизитов, чтение/запись файла... Из средств просмотра исключительно штатный "Просмотр событий". Легко и непринуждённо получишь несколько десятков тысяч записей аудита в день практически без каких-либо средств анализа.
Есть сторонние решения, но они, мягко говоря, не бесплатные.
Читай, например, тут http://support.microsoft.com/kb/325898 И спроси у своего любимого поисковика "Настройка аудита доступа к файлам в политике windows" - узнаешь много полезного