Организация на УСН, с\ф не выставляет и не будет.
Делаем УПД по форме 2. ГТД в этом случае не указывается. Но покупатель по какой-то причине желает видеть номера ГТД.
Где их правильно указать?

в реализации.

(1) Оно оттуда не печатается.

(2) конечно, откуда в ЗУПе ГТД

(3) Наркоман штоле?

(4) ты как-будто первый день живешь. Начинать надо хотя бы названия конфигурации.

(5) А на чём учет УСН обычно ведут? Ясень пень, на ERP2

БП 3 обычная

(7) читай http://its.1c.ru/db/updoc#content:22:hdoc

(8) Так там и написано то же самое:
будут проставлены прочерки для значений:
...
    "Номер таможенной декларации" (графа 11).

Т.е. покупатель номера ГТД не увидит.
А надо, чтобы увидел

(9) ответ очевиден: ВПФ