Собственно , кто как борется с данной проблемой?
удаление движений по регистрам НДС , перепроведение книги покупок?

Разбираются в причинах для начала

(0) Почему вы считаете это проблемой? Есть масса ситуаций, когда остаток на 19 счете является нормой.

(2) например?

(3) после такого вопроса может тебе лучше вообще этим не заниматься ?

(3) Например по приобретенному, но не введённому в эксплуатацию ОС.

(3) это всерьёз вопрос? Бухгалтера спросили?

(3) нет СФ-нет вычета ;)

(3) это вы своих бухов спрашивайте

(3) покупаешь товар

Дт 41 Кт 60 Стоимость ТМЦ
Дт 19 Кт 60 Входящий НДС


Вот тебе и остаток на 19 счете

Остаток на 19 счете относится к исчислению НДС

Налоговый период для НДС - квартал

Т.е. в течение налогового периода остаток на 19 счете - нормальное явление, в некоторых случаях, описанных например в (5) - и после выполнения операций закрытия налогового периода по НДС, т.е. составления декларации по НДС

Счет 19 закрывается в корреспонденции со счетом 68, уменьшая НДС по уплате в бюджет.

Сам же НДС начисляется при реализации (проводка Дт 90.3 Кт 68 в документе "Реализация товаров и услуг"

(9) +да, когда проводишь счет-фактуру полученную, можешь у неё увидеть проводку Кт 68 Дт 19 - это и есть закрытие твоего счета

возможно в твоих счетах-фактурах нет этой проводки (например, снят флажок "Принять НДС к вычету датой счета-фактуры" или как-то так)