Выбираю:

   Для Каждого МетаданныеДок из Метаданные.Документы Цикл
   КонецЦикла;

Как определить к каким подсистемам относится МетаданныеДок?

ОбъектМетаданных: Документ (MetadataObject: Document)
Подсистемы (Subsystems)
Использование:
Только чтение.
Описание:
Тип: КоллекцияЗначенийСвойстваОбъектаМетаданных. Коллекция объектов метаданных, описывающих подсистемы, к которым относится данный объект метаданных.