Обычно, когда 1С не может достучаться до сервера, она даёт ошибку типа "Could not connect to server.
А тут даёт "command PORT failed". Причём переносишь эту базу на другой компьютер - там работает. Брандмауэр (в лице NOD) отключать пробовал - не помогает.
Вот ошибка подробнее:

Ошибка при вызове конструктора (FTPСоединение)
       Соединение = Новый FTPСоединение(ИмяFTPСервера, НастройкиОбмена.ПортFTPСоединения,
по причине:
Ошибка работы с Интернет:  ftp://80.248.51.50:21FTP: command PORT failed

Через Total Commander с FTP работает нормально

Обычно такая ошибка из-за блокирования портов файрволом
http://slacksite.com/other/ftp.html

+2
http://support.microsoft.com/kb/281193/en-us

Странно, вроде вот это: "Причём переносишь эту базу на другой компьютер - там работает"
должно было натолкнуть на правильные мысли

(4) Могло бы натолкнуть на мысли о файерволе, но:
Windows Server 2003 + ESET NOD.
В NODе есть такая опция "Не фильтровать сетевой траффик (отключить файервол" - должно бы помочь, если стоит файервол. Но не помогает.

Можно было бы подумать на настройки сети, но Total Commander нормально соединяется. Причём и в пассивном режиме, и в не пассивном (как он называется?).

(5) попробуй удалить совсем НОД