В настройках стоит возможность вести учет по нескольким организациям, также возможность вести учет по компании в целом.
В записи регистра и в отчеты попадает только одна организация (компания). Это так задумано?

У кого-нибудь получилось вести учет в УНФ в разрезе организаций?

Неужели такую конфу кто-то еще и покупает... Ужас

Что непонятного? Если стоит галка вести учет по компании - то в регистрах будут движения по организации-компании. Если галка не стоит - то будут организации из документа.