Ночью перед формированием бэкапа приходится останавливать и запускать агент сервера 1С:
net stop "Агент сервера 1С:Предприятия 8.2"
net start "Агент сервера 1С:Предприятия 8.2"

После чего фоновые задания не стартуют автоматическию. Спасает запуск руками "консоли заданий" и перезапись расписаний или установка/сброс блокировки регламентных заданий.
Проверяла по журналу регистраций: завершение фонового задания в момент перезапуска сервера, а запуск только в момент изменения расписания.

Это как-нибудь лечится???

Платформа 8.2.13,219

Нет. Это фича

(1)
А на более поздних релизах платформы все так же?

(2) Честно не проверял.