Вот тут нарисовано, как пошуровать в локальной копии:
http://sql.ge/2010/09/29/how-to-edit-skype-history-a-short-guide-for-spies-criminals-and-paranoids/ Но там же написано: Don’t delete records(!), as on the next connection to the peer Skype will sync missing ones and they will show up again.
Т.е., удаленные записи будут загружены с сервера при след соединении. Про измененные ничего не говорится...
Оптимист верит, что мы живем в лучшем из миров. Пессимист боится, что так оно и есть.