Посмотрел xml-файл, там вместо названия организации - его гуид. Получается сериализация реквизитов-ссылок - это получение их гуидов, а не конкретных значений?

а что в твоем понимании "конкретные значения" реквизитов-ссылок?

(0) Как в твоем варианте "конкретных значений" вывести контрагента (у которого в реквизите ГоловнойКонтрагент указане его ссылка)?

а ты объекты реквизитов ссылок сериализовывал? если нет, то с чего там должно быть что-то другое?

Рисую картину. у организации есть подчиненые объекты, есть записи  регистров сведений. А там в других измерения или реквизитах также ссылки на какие-то другие объекты, в какой момент 1С должна будет остановиться? когда вызовется исключение "недостаточно памяти"?

(3)То есть каждый объект, на который в документе есть ссылка, нужно так же сериализовывать - 1С автоматически это не делает? А чтобы получить не ссылку, а только ее значение? А то у меня в справочнике БД1 у организации один гуид, а у той же организации в том же справочнике в БД2 гуид другой.

(4) Не делает. Использовать другие средства КД, самописки. Или программно эмулировать сериализацию - сохранять данные в XML с подменой твоих GUID.