Мы в команде, которая включает программистов, проектных менеджеров и админов из разных стран используем  Jira: wiki:Atlassian_JIRA
Можно управлять проектами, отслеживать работу разработчиков и админов, можно организовать поддержку пользователей и багтреккинг. Во общем хорошая универсальная система. Ничего толкового на 1С я не встречал.

Какими системами управления задачами, проектами и helpDesk пользуетесь?