Недавно стояла такая же задача. Что сделали.
1. Загрузили чистую конфигурацию.
2. Обновили.
3. Вернули доработки.
4. Переносом дополнили данные из не обновленной конфигурации.
Если все будет грамотно, то будет успешно.
Требовать и эффективности, и гибкости от одной и той же программы — все равно, что искать очаровательную и скромную жену... по-видимому, нам следует остановиться на чем-то одном из двух. Фредерик Брукс-младший