НаборЗаписей.Отбор.Склад.Установить(Склад);
   НаборЗаписей.Отбор.Организация.Установить(Организация);
Пытаюсь удалить запись в регистре,
НаборЗаписей=РегистрыСведений.НепредоставленныеДокументы.СоздатьНаборЗаписей();    НаборЗаписей.Отбор.ДокументРегистратор.Установить(ДокументРегистратор);
   НаборЗаписей.Прочитать();
   Если НаборЗаписей.Количество() = 1  Тогда
       Попытка
           НаборЗаписей.Записать();    
       Исключение
           Сообщить(ОписаниеОшибки());
       КонецПопытки;    
       
   КонецЕсли;

В результате запись как была так и осталась.Никаких сообщений 1с 8.1 не выдает.Регистр независимый непериодический.Отладчиком до НаборЗаписей.Записать(); доходит и по идее должна запись удалится.

не та идея

(0) а с чего она должна удалиться?

Потому что ты хрень написал. Встань в угол, подумай, потом напиши правильно

вот это выкинь:

НаборЗаписей.Прочитать();

НаборЗаписей.Очистить()

НаборЗаписей.Отбор.Склад.Установить(Склад);
НаборЗаписей.Отбор.Организация.Установить(Организация);

Это что еще за левокод?

(6) да скопировал косячно =))Действительно в НаборЗаписей.Прочитать(); нужно было грохнуть спб