Не переносится пометка на удаление при выполнении обмена данными, в правилах в конвертации данных флажок снят с "Отключить". В файле выгрузки XML "ПометкаУдаления" значение = истина,но после загрузки пометка не устанавливается. Как заставить ее переноситься?

Смотри код, что у тебя после загрузки происходит

смотрел правила обмена, после загрузки почему то у Объекта "ПометкаУдаления" значение = истина, а у Ссылка "ПометкаУдаления" значение = ложь, может тут что то надо поправить?

Нашел проблему, действительно надо было внимательно отследить код после загрузки. Стояло условие, игнорирующее пометку удаления.