Пока проверять нет времени, но идея есть
Обычно проверяем через ЗП.УложитьСписокОбъектов
и потом Спр.ID IN (SELECT VAL ...)
А что если в список пихать только родителей (группы) и проверять через
Спр.ParentText IN (SELECT VAL ...)
--
понятно что для parenttext придется иногда джойниться к справочнику, но и количество элементов для сравнения на порядок меньше.
--
Кто-нить уже проверял будет ли выигрыш по времени?
ЗЫ Речь про справочники с большим количеством элементов от 10 000 и выше