В двух базах устанавливаю классификатор банков. В одной все установилось без проблем. Во второй никаких изменений со справочником банков не происходит.
Устанавливаю так: Справочники - Банки - Добавить банки из классификатора  банков РФ - Обновить
Ставлю галочки скачать с сайта агентства РосБизнесКонсалтинг и обновить элементы справочника банки.

может там уже все банки есть

(1) +1. Ежели нет - отладчик в руки

(2) и что в отладчике смотреть?

(3) смотреть почему "никаких изменений со справочником банков не происходит"

(4) как это посмотреть?

Очевидно, поставить точку останова на входе в процедуру Обновить().
Искренне Ваш, Кэп.

накатить вручную

(0) Из той базы, где все установилось из каталога \ExtDb\ копирни в проблемную базу в такой каталог файлы BIK.*