ЗУП. ОФормили больничный, который пришелся на время отпуска. Начисления по отпуску за время больничного отсторнировались.
Если человек решит потом уволится, при расчете компенсациии программа увидит, что не все дни дни человек "отгулял"? Или нужно что-то менять в кадровых документах?

Смотря чем идет списание факт. отпуска.
Если кадровыми документами - то видимо нужно

(1) в параметрах учета стоит "Остатки отпусков будут уменьшаться при регистрации фактических отпусков - Расчетными документами". Т.е. делать ничего не нужно? я правильно настройку смотрю?

(2) Правильно.
Для проверки можно посмотреть об остатках отпуска в сотруднике.

+3 отчет об остатках