Делается перемещение товаров на другой склад, остаток товара по складу и по организации присутствует, при этом почему-то делается приход по товарам к передаче и соответственно по регистру "ТоварыОрганизаций" присутствует не та организация, которая указана в документе.
Почему так? Куда смотреть?

Ордерная схема имеет место быть. УТ11 не знаю.

(1) нет
используется передача товаров при перемещении, но зачем перемещать товар другой организации, если и так есть остаток?

>> (2) используется передача товаров при перемещении, но зачем перемещать товар другой организации, если и так есть остаток?
Значит нет остатка на дату контроля.

Какие настройки контроля остатков товаров организаций установлены?

(3) версия 11.1.1.13 - контроль на конец месяца и текущую дату
остаток есть и на дату документа и на конец месяца и на тек. дату

>> (4) остаток есть
Не верю.
Смотри остатки по видам запасов.

перепроведите документ. Наверно, забыли провести.

за каким-то х... в РС ДатыПоступленияТоваровОрганизаций, была поставлена более поздняя дата поступления

+7 думаю очистить РС и перепровести все поступления

и самое прикольное, что если сделать отмену проведения поступления, то РС не очищается