Платформа 8.2.18.61.
  Есть 3 справочника Контрагенты-> Договоры-> Акты
В справочнике Акты создаётся группа (соответственно владелец - элемент справочника Договоры).
При массовом создании записей (заполнение из файла обмена)
  новДог=Справочники.Договоры.СоздатьЭлемент();
  новДог.Владелец=ЭлКонтрагент;
  новДог.Наименование=стрНаименованиеДог;
  новДог.Записать();
  
  новГрАкт=Справочники.Акты.СоздатьГруппу();
  новГрАкт.Владелец=новДог.ссылка;
  новГрАкт.Наименование=стрНаименованиеГр;
  новГрАкт.Записать();
  
  Далее создаём элементы справочника с заполненным владельцем и родителем.

Данный код вываливается с ошибкой времени исполнения "Не заполнен владелец у новГрАкт" в произвольном месте загрузки (на 20, 50 или любом другом, без явной системы), отладчик показывает, что все переменные имеют правильный тип и заполнены правильно, но новГрАкт.Владелец остаётся пустым даже если поставить его заполнение в цикле:
Пока новГрАкт.Владелец=Справочники.Акт.ПустаяССылка() цикл
  новГрАкт.Владелец=новДог.ссылка;
Такое чувство, что запаздывает или глючно отрабатывает создание группы (по ходу создаётся группа как в неподчинённом справочнике и в поле владелец писать незачем).  
Способа контроля создания группы (как собственно и элемента) нет - получили ссылку на создаваемый элемент и всё, дальше только заполнять.
  Может кто подскажет где прочитать про надёжное создание групп и элементов подчинённых справочников.

создай сначала все группы, потом акты

(1) т.е. сначала все договоры, потом акты

(1) создаются группы в справочнике Акты и проблема заполнения Владельца именно у группы

(3)+ как ни странно, но создание элемента справочника Акты отрабатывает без глюка

Информации не откопал, получается массовое надёжное создание элементов и групп справочников это шаманство конкретной реализации.
  Как-то грустно натыкаться на грабли на ровном месте и терять время на изобретение обходного пути.

Ползут по пустыне 3 черепашки...

(6) +1 )))

(6) не так, попытались ползти по пустыне 3 черепашки ...