Самописная конфигурация в которой надергано многое со стандартной. Код для одного справочника устанавливается когда начинаешь записывать. У другого не устанавливается. Хотя галка автонумерация стоит.

Подскажите где все таки код устанавливатся может?

Ну так на вскидку, в подписке на событие может.

у формы еще есть свойство хитрое АвтонумерацияВФорме

в свойствах формы ещё посомтри, там тоже галка есть автонумерация

не устанавливается вообще код?
посмотри свойство формы Автонумерация

(1) Да вроде везде посмотрел. нет
(2)(3)(4) Не нашел такое свойство, да кстати это УФ

Я заметил что раньше в стандарте коды назначались при создании элемента, а сейчас именно при записи. Вопрос где именно это происходит.

(5) уж не помню кто это сказал, но фраза мне запомнилась "Это Управляемые Формы! Не ты ими управляешь, а они тобой!!!" :))

Если планируешь поправить код в справочнике, возникает сообщение код заполняется автоматически при записи. Что за галка это регулирует, я тоже хочу в другом справочнике чтобы было так.