Нужно обойти все справочники конфигурации и в каждом справочнике, где есть иерархия, создать новую группу "Группа1"
Как это сделать?

    Для каждого объект из Метаданные["Справочники"] Цикл
        Сообщить(Объект.Имя);
    КонецЦикла;

Как программно создать группу, зная строковое значение Объект.Имя?

Справочники[СтрокаИмени].СоздатьГруппу() - так, наверное.

а на зачем? группа мусорка?

(2) Я, помнится, ещё в DOS-е создал папку мусор и сложил туда всё, что мне показалось не очень нужным.
Потом пришла "умная тётка" и удалила эту папку, а пользователи искали свои файлы и плакали.

(2) да сливаю две базы с идентичной конфой в одну, необходимо, чтобы справочники не перемешались

(4) Наплодить дублей и разложить по папкам, чтобы их искать было сложнее.

это ж самый примитивный метод шифрования файлов. насоздавать дерево уровней в 16 с именами из одной цифры, файл скласть на нижний уровень...

(5) на практике видал такое. приёмник принимает номенклатуру из двух разных баз, раскладывает в разные группы - так юзерам удобнее. но ТС явно затеял какую-то ересь

(7) Приёмник не номенклатуру принимает, а данные из другой системы - и ему нужно, чтобы пользователь эти данные соотнёс со своей номенклатурой.
Конечно, большинство пользователей ленится и получается, что от каждого поставщика поступает своя номенклатура, а в справочнике дубль на дубле.
Но, когда начинают продавать по штрих-кодам производителя и т.п., быстро выясняется, что такой бардак ничего хорошего не сулит.

(8) в моём случае не пользователь соотносит, а КД. и там не поставщики, а производственные подразделения, скажем так, которые делают разное