Как в запросе проверить что подразделения (двух разных колонок) одинаковы или находятся в одной иерархии ?

в одной иерархии - никак, в на сравнивать просто:

Таблицы.Колонка1 = таблица.Колонка2


И еще - никогда не опирайтесь в бизнес логике на иерархию справочников.

Таблицы.Колонка1 = таблица.Колонка2 ИЛИ Таблицы.Колонка1.Родитель = таблица.Колонка2.Родитель

ну и (1) +1

(2) Это когда они находятся в одной ветке. ТС спрашивал про иерархию. Все элементы справочника находятся в одной иерархии.

(4) нифига не очевидно

(4) Это с чего это в одной иерархии, темболее вопрос был про проверить что в одной )))

Мы все бредим, и речь шла о справочнике "ПодразделенияОрганизаций"? И тогда надо смотреть на владельца?

(0) как то так:
ВЫБРАТЬ
    ПоступлениеТоваровУслугУслуги.ПодразделениеОрганизации КАК ПоТЧ,
    ПоступлениеТоваровУслугУслуги.Ссылка.ПодразделениеОрганизации КАК ПоШапке,
    ПоступлениеТоваровУслугУслуги.Ссылка
ПОМЕСТИТЬ ВТ
ИЗ
    Документ.ПоступлениеТоваровУслуг.Услуги КАК ПоступлениеТоваровУслугУслуги
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ВТ.ПоТЧ,
    ВТ.ПоШапке,
    ВТ.Ссылка
ИЗ
    ВТ КАК ВТ
ГДЕ
    (ВТ.ПоТЧ В ИЕРАРХИИ
                (ВЫБРАТЬ
                    ВТ.ПоШапке
                ИЗ
                    ВТ)
            ИЛИ ВТ.ПоТЧ = ВТ.ПоШапке)