Почтовые сообщения нормально отпраляются, но когда заходишь в почтовый ящик на сервере в папке Отправленные пусто (mail.ru), возможно сделать так чтобы копии отправленных писем хранились на сервере?

(0) Возможно. Отправлять с копромайла.

(1) это как?

(2) Это просто. Заходишь на http://www.mail.ru, отправляешь письмо.

надо из 1С чтобы отправляло и на сервере копии сохранялись

Вообще не совсем понятно, нахрена козе баян.
Хочешь пользоваться майлом, пользуйся им, хочешь использовать его только как адрес, не пользуйся майлом.

ну вот такую задачу попросили решить ...

(6) Что-то мне подсказывает, что это крайне геморройная задача, в первую очередь в смысле собственно смысла.
Так же что-то мне подсказывает, что использование почтового адреса на мэйле предполагает бюджет задачи рублей писят.
Итого вердикт: не, не надо оно вам.