Имеет скд с набором данных запрос и несколькими предустановленных вариантами.

Изменили условия запроса - добавили условие и соответственно параметр в СКД.

В существующих вариантах (созданных в СКД) в каждом отдельно этот параметр включили в пользовательские настройки и при открытии отчета и выборе варианта - этот параметр есть в пользовательских настройках у пользователей.

Однако. У пользователей есть собственные варианты, и вот в их вариантах новый параметр никак не хочет появляться в пользовательских настройках. Конечно можно пользователю нажать Все действия - изменить вариант - на закладке параметр найти параметр - через контекстное меню вызвать свойства элемента пользовательских настроек - и там установить - включать в пользовательские настройки.

Но при большом количестве пользователей и разным уровнем владения в 1С это довольно проблематично, писать инструкцию конкретно под это действие и рассылать пользователям не вариант.

В связи с этим вопрос - каким образом в пользовательские настройки можно программно добавить параметр?

Если пользовательские настройки хранятся в соответствующем регистре сведений, то логично скопировать запись требуемой настройки с заменой на предназначенного пользователя.

эм... пользовательские настройки не хранятся в регистрах сведений.

Например, КА. Посмотри РС Настройки... и т.п.

регистр Сохраненные настройки используется для другого механизма.

здесь речь идет о пользовательских настройках