Добрый день!

В БП 3.0 есть отчет "Анализ НДФЛ". В нем есть колонка "Задолженность по НДФЛ". Выплата НДФЛ производится выпиской банка, но суммы задолженности все равно висят.

Почему так? Может еще что надо сделать?

"Выплата НДФЛ производится выпиской банка"
Вот тут подробнее, плиз.
Как называется документ, какой вид операции, как заполнен...

Документ - Списание с расчетного счета
Вид операции - Перечисление налога
Счет - 68.01
Вид платежа - Налог (взносы): начислено / уплачено

Дата документа оплаты входит в период отчета?

Да, дата оплаты входит в реквизит "Период уплаты налога".