Если есть несколько баз, из которых только одна реально рабочая, т.е. в которой работают пользователи, а остальные базы - это копии, старые версии и пр.
То регламентные задания, которые есть в этих базах, все запускаются сервером 1c ?
Если нужно чтобы запускались задания только из одной (рабочей) базы, нужно по всем остальным пройтись и выключить их?
а еще, в особо сложных ситуациях (когда в принципе не допустимо запуск фонового в копии) дописывают специальные проверки перед стартом, ведь может быть случай, когда поднимут копию, а галку не поставят.