Проверил мддиагом. Получил:
    <нет данных> (\\Journal)
            Хралилище \\Journal\Journal_Number212 не описано в \\Journal\Container.Contents и в Main MetaData Stream. Это хранилище можно удалить из конфигурации.
            Хралилище \\Journal\Journal_Number538 не описано в \\Journal\Container.Contents и в Main MetaData Stream. Это хранилище можно удалить из конфигурации.
            Хралилище \\Journal\Journal_Number728 не описано в \\Journal\Container.Contents и в Main MetaData Stream. Это хранилище можно удалить из конфигурации.
            Хралилище \\Journal\Journal_Number729 не описано в \\Journal\Container.Contents и в Main MetaData Stream. Это хранилище можно удалить из конфигурации.
            Хралилище \\Journal\Journal_Number860 не описано в \\Journal\Container.Contents и в Main MetaData Stream. Это хранилище можно удалить из конфигурации.

Как мне теперь найти эти Journal\Journal_NumberХХХ, чтобы удалить?

Ну так распакуй, а там и найдешь.

(1) Распаковал. ИД из (0) Нет в ОбъектыМетаданных.txt
Как мне теперь найти эти папки, чтобы удалить перед компиляцией?
Искать папки, которых нет в ОбъектыМетаданных.txt и удалить?

достаточно просто распаковать и запаковать.

(3) О, спаситель от лишнего геморра!

Раз уже повезло с Ёпрстом, допвопрос:
Что даёт Пустой метадатастрим для внешних отчетов?

(5) да ничего, просто весит отчет меньше..
:)

просто по метадатастрим, можно узнать из отчета, что за конфа была.. ну и использовать его как донора для основной конфы, если там мд-ник поломался, а ert-ки остались

Наступил на старые грабли, о которых сам говорил не раз новичкам (пора меня в утиль).
Зависало на ТИИ.
Обр-кой почистил битые. Вигвам.
Исправил мдэшник. Вигвам.
Оказалось - неограниченная строка в шапке не последняя в одном доке.
Обматерил себя на чём свет стоит.

(8) есть такое, всё не упомнишь