Отчет на Основе СКД выводит результат в документ расположенный на форме. При этом группировки раскрыты.
  Как сделать чтобы они были закрыты ?

показать уровень группировки строк

в модуле отчета:
Процедура ПриКомпоновкеРезультата(ДокументРезультат, ДанныеРасшифровки, СтандартнаяОбработка)

ДокументРезультат.ПоказатьУровеньГруппировокСтрок(1); //Уровень 2

(1),(2)  Спасибо