Есть типовая БП 3.0, нужен импорт в неё из внешнего не 1С источника документов поступления. Справочники не синхронизированы и тянут номенклатура, контрагенты, склады, организации ну и уверен, что дальше будет больше.
В идеале конечно снять типовую с поддержки и прописать соответствия для справочников в регистре и грузить уже по соответствию.  Пока как вариант буферная база с загруженными актуальными справочниками двух баз и соответствия.
Какие варианты ещё есть ?

РС соответсвия объектов для обмена не подходит?

(0) Как варианты:
1. Дополнительный реквизит "КодВнешнейБазы"
2. Отдельно стоящая "1С:Предприятие 8. MDM Управление нормативно- справочной информацией"

Хотя логичнее все-таки включить возможность изменений. Снимать полностью с поддержки не обязательно.

Номенклатура - загрузка через справочник "Номенклатура поставщика", там указываешь соответствие и вперёд

контрагенты - ну скорее всего такой контрагент один и можно тупо в шапки указать, или поискать по ИНН/КПП. В запущенном случае пусть проставляют соответствие которое ты запишешь в дополнительный сведения/реквизиты в карточки контрагента

склады - скорее всего в БП это будет один склад, так что реквизит в обработки, который руками проставляют

организации - ну тут или реквизит вв обработки, или в коде прописать, благо фирмы меняются редко

(3) Решение как вариант, надо продумать.
Номенклатура как справочник самый проблемный в этой задаче.
Весь приход на предопределенный склад и под основной организацией. По реквизитам шапки вытащить контрагента и с отбором по номенклатуре поставщика заполнить ТЧ документа.
..или действительно по записям в регистре.