на сервере1 ключ на 50 лиц

Через ТС используется 30 лиц
Перегружаем эту терминалку. После перезагрузки, еще когда никто на нее не зашел, в мониторе, установленном на сервере1, отображаются эти 30 лицензий. Почему? Фактически в это время никто с 1с не работает.

Походу ключ надо обесточить что бы он забыл кто там к нему подключился.

лицензии зависают бывает, просто перезапускайте службу менеджера лицензий

(2) Он сервак целиком ребутит , причем тут служба.

(3) он ребутит ТС, а не сервак с ключами, если я правильно вангую

Да уж , тут необходима расшифровка :  сервер1 это терминальник или нет. Если не терминал то тады (2).