В зарплате, значение субконто берется из справочника "Субконто", при выгрузке получается такая строка,

<Объект Нпп="1021" Тип="СправочникСсылка.Субконто" ИмяПравила="Субконто"><Ссылка Нпп="1021" НеСоздаватьЕслиНеНайден="true">
    <Свойство Имя="Наименование" Тип="Строка">
        <Значение>Проезд</Значение>
    </Свойство>
</Ссылка>

но в УПП нужно, чтобы  значение субконто выбралось из справочника, статьи затрат. Где и что нужно прописать, чтобы, при выгрузке встало Тип="СправочникСсылка.СтатьиЗатрат"

Написать ПКО источник:субконто приемник:статьи затрат. Назначить ПКО.

В ПКС прописать

ИмяПКОВидСубконто = "имя ПКО";

и конечно сделать ПКО с таким именем

Эх неправильно я написал.. тебе же справочник вида "Субконто" надо преобразовать в справочник "Статьи Затрат"

Ну и сделай ПКО из справочника "Сбконто" в СтатьиЗатрат, и явным образом назначь правило, или как написано в (1)