Сделал выборку групп, которые привязаны к пользователю из регистра сведений. При открытии номенклатуры необходимо проверить, находится элемент или группа в выборке (в которой выбраны группы справочника номенклатуры по пользователю) или по другому является ли одна из групп в выборке родителем или родитель номенклатуры находится в группе из выборки.

Это что ли?
"СправочникСсылка.<Имя справочника> (CatalogRef.<Имя справочника>)
ПринадлежитЭлементу (BelongsToItem)
Синтаксис:

ПринадлежитЭлементу(<Элемент>)
Параметры:

<Элемент> (обязательный)

Тип: СправочникСсылка.
Группа (или элемент для иерархического справочника с иерархией элементов), для которой определяется принадлежность элемента.
Возвращаемое значение:

Тип: Булево.
Истина - элемент подчинен группе; Ложь - в противном случае.
Если в качестве параметра указать сам элемент, то Ложь.
Описание:

Определяет подчиненность элемента справочника группе с учетом всех уровней иерархии.

Доступность:

Сервер, толстый клиент, внешнее соединение.
Примечание:

Определяет подчиненность группе непосредственно на момент вызова метода путем последовательного считывания всех вышестоящих элементов.
Пример:

Если ОбъектСсылка.ПринадлежитЭлементу(ЭлементСсылка) Тогда
    Сообщить("Принадлежит");
КонецЕсли;