Бухи стали кричать, что после обновления у нас в договорах стал появляться этот флажок (взведённый), и типа в формах по НДС организация стала налоговым агентом .

Почитал, вроде такого эффекта не должно быть?

Кто объяснит зачем этот флажок?

Это надо для того случая когда ты являешься агентов по уплате ндс, например покупаешь товары у инностранцев или арендуешь что-то у гос органов.

агентов = агентом

(0) Для удобства пользователей. Например, при поступлении товаров, не облагаемых НДС, или товаров от неплательщика НДС, эту галочку надо снять.
http://its.1c.ru/db/metod81/content/5633/hdoc/_top/%EF%EE%F1%F2%E0%E2%F9%E8%EA%20%EF%EE%20%E4%EE%E3%EE%E2%EE%F0%F3%20%EF%F0%E5%E4%FA%FF%E2%EB%FF%E5%F2%20%ED%E4%F1

Кроме того, сделки по договорам без НДС исключаются из отчета "Экспресс-проверка ведения учета".
http://www.buhonline.ru/forum/index?g=posts&t=218470

то есть этот флажок не влияет на книгу покупок и журнал СФ ?

(4) Не влияет. Он только фиксирует факт: нужен счет-фактура от поставщика или нет для данного поступления. Если нет флажка, подразумевается, что счета-фактуры от поставщика нет и не будет.

(0) этот флажок появился еще в 3.0.31.1 релизе