Есть функция веб-сервиса 1С, вызываемая из 1С, с тремя параметрами. Сейчас так работает: MyFunction(Par1, ,), а так MyFunction(Par1) выдает ошибку "Недостаточно фактических параметров". Возможно как-то описать параметры функции, чтобы была возможность использовать второй вариант  вызова?

Передавай в качестве первого параметра структуру параметров

http://screencast.com/t/EJdd5TUg например

(2) Этот флажок установлен. Насколько я понимаю, он и позволяет вызывать функцию как MyFunction(Par1, ,)

(3) для всех трёх параметров установлен?
А в определении функции не пробовал ставить myFunc(Par1=undefined, par2=undefined, ...)? Т.е. обычные предопределённые параметры.

(4) Да, дефолтные значения в описании функции указаны

Функция MyFuncition(Par1 = Неопределено, Par2 = Неопределено, Par3 = Неопределено)