В правилах конвертации справочника нужно часть данных получить из источника, а часть из входящих данных. В том случае, когда все берется из входящих данных я делал выгрузку по правилу этого объекта, а как быть в этом случае? Как настроить правило выгрузки, чтобы часть реквизитов заполнялось из источника (справочника как такового), а часть бралась из внешних данных?

Если справочник выгружается через ПВД, то в событии перед выгрузкой нужно заполнять входящие данные.
Если справочник выгружается из ПКС, то входящие данные нужно заполнять там.

(1) Второй вариант подходит, мог бы и сам догадаться, спасибо.