имеем 2 одинаковых товара: 1 в пути(склад "в пути"), 1 на складе ("основной"). Метод ФИФо
Документ реализации: списываем с основного склада
Списывается тот который в пути, т.е. несуществующий
В результате на складе 1 товар и долг в 1 товар который еще не доставлен

Склад "В пути" доставляет...

(0) Ордерную схему склада юзай.

(0) А что вы хотите от 1С, чтобы она как-то "поняла" название склада и "догадалась", что склад с названием "в пути" - это "табу" для списания ? ;)

В документе стоит списание с основного склада
Опять же используется метод ФИФО: первым пришел - первым ушел

(4) и все таки ответ в (2)