Подскажите пожалуйста, кто какой утилитой пользуется для отладки
последовательных портов для винды ( те она должна быть прозрачной для ПО использующего последовательный порт)

гугли
com port debug

это что-ли?
http://www.eterlogic.com/Products.VSPE.html

нужен сниффер скорее всего

вот например такой есть
http://www.serial-port-monitor.com/

или такой
http://www.com-port-monitoring.com/com-port-sniffer-filters.html

Спасибо, сейчас почитаю.