Добрый вечер!
Написал обработку
&НаСервереБезКонтекста
Процедура ПолучитьБазуНаСервере(РазовыеНачисления)

    Отбор = Новый Структура("Регистратор", РазовыеНачисления);
    Ресурсы = Новый Массив();
    Ресурсы.Добавить("ОсновныеНачисления.Результат");
    Измерения = Новый Структура();
    Измерения.Вставить("Сотрудник", "ОсновныеНачисления.Сотрудник");
    Измерения.Вставить("Подразделение", "ОсновныеНачисления.Подразделение");
    
    Таблица = РегистрыРасчета.ДополнительныеНачисления.ПолучитьБазу(Отбор, Ресурсы,Измерения);
    
    
    
КонецПроцедуры

&НаКлиенте
Процедура ПолучитьБазу(Команда)
    ПолучитьБазуНаСервере(РазовыеНачисления);
КонецПроцедуры

В отладчике она выдает Результат = 0, при этом
https://s.mail.ru/2pu1w2s7RZju/img-2015-10-26-19-41-08.png
и https://s.mail.ru/4W1GJRjjD3Vt/img-2015-10-26-19-42-25.png

переменная РазовыеНачисления это ссылка на док РегистрацияРазовыхНачислений

Каким образом вторая процедура связана с функцией
Таблица = РегистрыРасчета.ДополнительныеНачисления.ПолучитьБазу(Отбор, Ресурсы,Измерения);?

(2) https://s.mail.ru/3Nk9gvhfL5Fp/img-2015-10-26-20-03-22.png это вызов с формы

Не надо картинки. Просто ответь на вопрос.

(4) Первая процедура формы передает ссылку на документ в серверный вызов.

(5)А зачем вторую нарисовал? Она не имеет отношения к "серверному вызову"

Надо смотреть функцию ПолучитьБазу()