При переносе признак удаленности не сохраняется и все метки на удаления исчезает.

Куда что надо дописать что бы перенеслось один в один?

(0) Проверить имеется ли ПКС для реквизита ПометкаУдаления

Снимите соответствующую галочку в "универсальном обмене данными", если через нее грузите

В общем и (1) и (2) все делаю, пометки слетают.
Как мне после выгрузки, при записи или еще в каком нибудь событие эту пометку ставить?

Ставлю в событии после выгрузки
Если Объект.ПометкаУдаления = 1 Тогда
    Объект.УстановитьПометкуУдаления(Истина,Ложь);
КонецЕсли;

и выдает ошибку:
Ошибка в обработчике события ПослеЗагрузкиОбъекта
    ИмяПКО                 =  Номенклатура
    ТипОбъекта             =  Номенклатура
    Объект                 =  Банки
    Обработчик             =  ПослеЗагрузкиОбъекта
    ОписаниеОшибки         =  Ошибка при вызове метода контекста (УстановитьПометкуУдаления): Элемент не выбран!
    ПозицияМодуля          =  (1)
    КодСообщения           =  21

Ошибка при загрузке данных: {ВнешняяОбработка.УниверсальныйОбменДаннымиXML.МодульОбъекта(1629)}: Ошибка в обработчике события ПослеЗагрузкиОбъекта
    ИмяПКО                 =  Номенклатура
    ТипОбъекта             =  Номенклатура
    Объект                 =  Банки
    Обработчик             =  ПослеЗагрузкиОбъекта
    ОписаниеОшибки         =  Ошибка при вызове метода контекста (УстановитьПометкуУдаления): Элемент не выбран!
    ПозицияМодуля          =  (1)
    КодСообщения           =  21

При этом объект записывается текущий с пометкой, но дальше уже не идет

В общем все еще очень актуально, только какой бред я не пробовал туда написать но все бестолку

(6) туда ничего писать не надо. Должно отрабатывать простое создание ПКС для признака пометки удаления.

Если оно точно не отрабатывает:
а)есть повторная выгрузка объекта по ссылке, которая отрабатывает по другому ПКО
б) в самом ПКО (или еще где) идет программная обработка объекта

(0) в ПКС ПометкаУдаления пиши
Если Источник.ПометкаУдаления() = 1
Тогда Значение = Истина;
Иначе Значение = Ложь;
КонецЕсли;