Здравствуйте.
Скажите, чем может быть вызвано поведение конфигуратора, когда при нетиповом обновлении обновляется только конфигурация поставщика, а релиз основной конфигурации и все объекты остаются без изменений, как если бы при тройном сравнении/объединении сняли все галки со всех пунктов?

Более того, пару раз наблюдал похожую петрушку на базовых конфигурациях, где казалось бы, никаких изменений и не может быть и никакого явного сравнения/объединения в процессе обновления не запускается.

Что это такое и как с этим бороться?

Чистка временных файлов иногда помогает, но потом при следующем обновлении все равно случается рецидив и основной релиз опять отстает от поставщика.

Бывало. Кэш хулиганит.

Чистка всегда помогает.