Обмен данными в универсальном формате между идентичными конфигурациями, кусок XML(определение документа):

    <Документ.Заказ>
        <КлючевыеСвойства>
            <Ссылка>00123400-259b-11e6-8fff-002100b226cb</Ссылка>
            <Дата>2016-05-29T15:48:53</Дата>
            <Номер>*</Номер>
            <Организация>
                <Ссылка>bd974ef1-2588-11e6-87f0-002100b226cb</Ссылка>
                <НаименованиеСокращенное>ИП</НаименованиеСокращенное>
                <НаименованиеПолное>ИП</НаименованиеПолное>
                <ЮридическоеФизическоеЛицо>ФизическоеЛицо</ЮридическоеФизическоеЛицо>
            </Организация>
        </КлючевыеСвойства>
    </Документ.Заказ>    


Если стороннее приложение(не 1С) будет формировать файл в этом формате для последующей загрузки в 1С, то как заполнять реквизиты "Ссылка" и "Номер" ? Откуда стороннее приложение может знать, какую Ссылку и какой Номер документа нужно указать, чтобы в 1С файл корректно загрузился?

Странный вопрос "откуда?"
-либо получать из 1с,
-либо должно генерить само.

Сам подход непонятен. Обычно средства выбираются под цели.

В твоём случае выбран инструмент для обмена "между идентичными конфигурациями", а пытаешься его применить совсем в другой области.

(2) А какой стандартный механизм существует у типовых для обмена с мобильными устройствами, например? Если на мобильном генерировать заказ в XML отправлять его 1С-ке.  Именно механизм "из коробки" существует или надо делать самостоятельно web или http сервис?

(3) ну комп идет у тебя как мобильный сервер, а мобильники идут как мобильные клиенты. Устанавливаешь конфу и радуешься. Всё само собой у тебя там фигачит.

(0) В КД3 посмотреть дерево формата какие реквизиты обязательны. Их заполнять обязательно, остальные если нет данных, можно не заполнять. Пусть приёмник думает как быть с данными, которые удовлетворяют стандартному формату.