Создан отчет на СКД.
Один из параметров отчета "Организация".
Необходимо установить связи параметров выбора для поля "Подразделение", которое не указано как параметр отчета, для него не установлена галочка "Включить в пользовательские настройки".
В конфигурации Организация является владельцем, справочник подразделения подчиненный.
На первой закладке СКД для поля можно настроить связь параметров выбора (см. Параметры редактирования). Есть нюанс. Эта настройка будет работать только в управляемом приложении.