У меня 8.3 Конфигурация мне кажется неважна. Справочник - тип кода строка, автонумерация. Автонумерация по всему справочнику.

Есть элемент "Я12" Ввожу следующий элемент "Я13", меняю руками на "Ц12", запиываю. Ввожу следующий, программа предлагает "Ц13".

Т.е. автонумератор добавляет к последе введенному номеру. Это неудобно, когда, регулярно меняешь кода задним числом.

Кто-нибудь сталкивался с такой проблемой

Это не проблема, а штатное поведение автонумератора

(0) нафига менять кода задним числом, да еще регулярно?

(0) код это простой счетчик. не надо в него вкладывать смыслы какого-то специального упорядочивания и прочей несвойственной простому справочнику хрени. справочник м.б. отсортирован штатно по коду, по наменованию, в порядке какого-то реквизита - на коды при этом наплювать. я вообще часто колонку когда прячу/не вывожу, чтобы не смущать девсвенно чистые мозги юзверей