Сумма по доначисленному НДС и пени не попадают в "Анализ состояния налогового учета по налогу на прибыль" в прочие расходы по БУ, по НУ попадают.
Проводка  дт 91.02.1 (прочие внереализ. расходы)  кт 68.02  (доначислено самостоятельно).  

Я вижу, что в  запросе эти суммы отсекаются. Объяснения не могу найти. Кто-то может разъяснить?

1С считает твою проводку НДС и вычитает ее из выручки.
По методологии 1С похоже должно быть

Счет Дт    СубконтоДт1
99.01.1    Причитающиеся налоговые санкции

(1) поменяла. ничего не изменилось. так же НУ и БУ расходятся на сумму проводки

если по БУ и НУ указать счет 99.01, то и там и там эта сумма не попадает и все сходится.

Статью выберите не принимаемую к НУ.