Есть конфигурация на управляемых формах.
Для некоторых партнеров нужно реализовать работу через браузер, без лишних сообщений о блокировке всплывающих окон.

Можно ли их отдельно включать в режиме Такси, с отдельно нарисованной формой рабочего места?

Для любого пользователя можно назначить любой интерфейс

(1) а где это устанавливается?

У юзеров

Или в сервисе

_н = ХранилищеСистемныхНастроек.Загрузить("Общее/НастройкиКлиентскогоПриложения");
_н.ВариантИнтерфейсаКлиентскогоПриложения = ВариантИнтерфейсаКлиентскогоПриложения.Такси;
ХранилищеСистемныхНастроек.Сохранить("Общее/НастройкиКлиентскогоПриложения",, _н);

А разве блокировка привязана к интерфейсу? Я думал это глобально в конфигурации указывается.
Или типа в Такси он ругается на блокировку, а на УФ не ругается?

/iTaxi

(0) Блокировка всплывающих окон это не особенность такси. Это ограничение большинства современных браузеров. Проверка модальности отключается в свойствах корня конфигурации вцелом для всех. Но не факт, что будет правильно работать без переписывания кода.