Подскажите пожалуйста где в настройках УТ10.3 проставить флаг "НДС включать в стоимость" по умолчанию для док. ПТУ

В типах цен посмотри

Даже лучше в "ТипыЦенНоменклатурыКонтрагентов"

(2) (1) Сумма включает НДС и НДС включать в стоимость разные реквизиты

(0) у меня не стоит галка эта в самом документе, но НДС включен в стоимость партий...
Сервис-Настройка учета-Учетная политика галочка Не включать НДС в стоимость партий не должна стоять...

если не то, тогда не знаю)