FTPСервер.Записать(ИмяФайлаИсточника,ИмяФайлаПриемника);

только файлик кидает

а можно кинуть всю папку со всем файлами внутри, что бы все перезаписалось на серевере фтп??

(0) Можно. В цикле.

(1) в каждой папке подпапка

очень не хочется

(2) рекурсивная процедура с циклом.
фактически - самая длительная операция это обращение на фтп, а ее все равно надо прогнать для всех файлов.
а цикл в цикле в цикле это уже не так страшно и долго, как время загрузки файлов по фтп.

(0) Это один раз сделать надо? Или периодически?

(2) https://winscp.net/eng/docs/lang:ru

(4)пердически

(0) так это ты капчи кривые грузишь на сайты ОСАГО?
Держи его!

(6) протокол ftp так устроен технологически, что два файла за раз передать по нему не возможно.
По этому у тебя два варианта - либо-либо:
1. каждый файл по отдельности перегонять, создавая недостающие папки
2. скрючить файлы в один архив, перегнать архив по фтп одним файлом, раскрючить архив внутри ftp-сервера