Подскажите пожалуйста где в конфигурации УТ 11.3
задается префикс для обмена с БП. Префикс УТ.
После я так понимаю этот префикс будет появляться
в номере документов.

Хотя нашел, префикс стоит где нужно. А как быть с существующими документами? Их можно руками изменить?

(1) Зачем? Измени нумерацию нового документа вручную (ноставь нужный номер) и дальше все как надо пойдет.