Можно ли в 1сфреш настроить права доступа на открытие только приходных, расходных накладных?
в Интернете пишут, что только "Запуск" и "Запуск и администрирование" можно. это так?

(0) если речь о конфигурации БП 3.0, то это не имеет смысла

Профиля по ролям там можно создавать? Атомарные роли на нужные объекты есть?

При добавлении нового пользователя всего два права только.запустить или запустить и администрировать

(3) это ты добавляешь в менеджере сервиса

добавляй в самом приложении

а почему для БП не имеет смысла?

в сервисе 1cfresh.com права настраивать только готовыми ролями внутри самой конфигурации
права "Запуск" и "Запуск и администрирование" в менеджере сервиса - это другое
например, с правами "Запуск" можно работать только через браузер, а в тонком клиенте работать не будет ЕМНИП

В самой бухе скопировать/создать новый профиль доступа, отредактировать набор ролей в нем, обозвать как хочется и прописать юзеру.