При открытии обработки через "Файл открыть" все отрабатывает, если эту обработку поместить в справочник "Доп. Обработки" зависает с ошибкой:
Ошибка при вызове метода контекста (Записать)
    ОбменаПравила.Записать(ИмяФайлаПравилОбмена);
по причине:
Установлен безопасный режим. Выполнение операции запрещено
ОбменаПравила это макет.
ОбменаПравила = НашаОбработка.ПолучитьМакет("ПравилаОбмена");
ИмяФайлаПравилОбмена это имя временного файла на сервере.
ИмяФайлаПравилОбмена  = ПолучитьИмяВременногоФайла("xml");

Кто знает где собака порылась?

В "Установлен безопасный режим"

Подробности тут http://catalog.mista.ru/public/617394/

Ну а через файл открыть все нормально работает?

(3) ВнешняяОбработка = ВнешниеОбработки.Создать(ИмяФайла, БезопасныйРежим);

<ПолноеИмяФайла> (обязательный)

Тип: Строка.
Полное имя файла внешней обработки.
<БезопасныйРежим> (необязательный)

Тип: Булево, Строка.
Признак создания внешней обработки в безопасном режиме.
Если указана строка, то внешняя обработка будет исполняться в безопасном режиме под управлением профиля безопасности с этим именем. Профиль безопасности должен иметь значение SafeModeProfile=Истина.
Значение по умолчанию: Истина.

Смотри второй параметр и значение по дефолту.