Здравствуйте.

Есть запрос:

ВЫБРАТЬ
    ТоварыКПоступлениюОстатки.КПоступлениюОстаток КАК КПоступлению,
    ТоварыКПоступлениюОстатки.Номенклатура,
    ТоварыКПоступлениюОстатки.Характеристика,
    ТоварыКПоступлениюОстатки.ДокументПоступления
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыКПоступлению.Остатки(
            ,
            Номенклатура.Производитель В (&Производитель)
                И ТИПЗНАЧЕНИЯ(ДокументПоступления) = ТИП(Документ.ЗаказПоставщику)) КАК ТоварыКПоступлениюОстатки

Проблема в том, что он нормально выполняется в Консоли запросов, а в отчете выводит другой результат - некоторые строки почему то не выводятся.

Что это может быть?

(0) надо смотреть через консоль скд, она меняет запрос, если какие-то строки не присутствуют в выборе она может из убрать и т.д.

Разные параметры; скд меняет запрос; кэш

На складке "Наборы данных" есть кнопка в виде дискеты "Сохранить схему в файл" сохрани и посмотри запрос в xml, но навряд ли он изменён. Параметр &Производитель передаёшь?

Ответ тебе даст макет компоновки данных.
Удобнее всего его смотреть в консоли компоновки ИР
http://devtool1c.ucoz.ru/index/konsol_komponovki_dannykh/0-20
https://www.youtube.com/watch?v=0LKGaFo9tXw